(三)都市農業(yè)發(fā)展有待進一步提質增效
北京市農業(yè)勞動生產率提高緩慢，部分年份甚至略有下降，農業(yè)與非農產業(yè)的勞動生產率差距呈現逐年擴大的趨勢。農業(yè)的組織化、規(guī)模化和產業(yè)化經營水平不高。都市農業(yè)健康發(fā)展所必需的市場服務體系不完善，包括土地流轉、金融支持、農產品流通、農業(yè)人才和風險防范等一系列的服務發(fā)育不足，造成都市農業(yè)產業(yè)化經營必須付出極高的運營成本。由于規(guī)范的土地流轉制度和市場的缺乏，龍頭企業(yè)在建立生產基地時，產生了一系列的土地矛盾。農業(yè)企業(yè)融資困難，由于缺乏金融支持，農業(yè)產業(yè)的抗風險能力很低。農產品流通的配套服務不夠完善，獲取市場信息的渠道非常單一，農產品專業(yè)市場空間分布不合理，配送和保鮮儲藏能力弱，導致農產品中間流通環(huán)節(jié)的高成本。未能充分發(fā)揮首都科技與人才優(yōu)勢，農業(yè)科技和復合型創(chuàng)新人才較為缺乏。龍頭企業(yè)是北京農業(yè)產業(yè)化和規(guī)模化經營的代表，但是與國外的農業(yè)企業(yè)相比，北京市農業(yè)龍頭企業(yè)在農產品的精深加工和出口創(chuàng)匯方面仍然比較落后，規(guī)模相對較小。農業(yè)的自組織程度低，2007年以來，北京市農民專業(yè)合作社得到快速發(fā)展。但是，其中多數合作社還處于起步階段，治理結構不合理、治理能力不強，規(guī)范化程度不高，規(guī)模小，布局分散，市場競爭力低下。而家庭農場依然是傳統(tǒng)粗放式的生產經營方式，經營和管理方面與專業(yè)合作社、企業(yè)等相比差距較大，直接導致其產品在標準化等方面沒有競爭力。
(四)城鄉(xiāng)結合部多重矛盾交織，缺乏根本解決方案
處于城市與農村之間的城鄉(xiāng)接合部，是新型城鎮(zhèn)化建設的關鍵區(qū)域:一方面緊鄰城市位置便利；另一方面生活成本較低是城鄉(xiāng)結合部最大的優(yōu)勢。但伴隨城市化的推進和流動人口的大量涌入，形成了”市民、村民、移民”的”新三元”結構，原本就是社會管理難點的城鄉(xiāng)結合部，越發(fā)成為城市形態(tài)、社會結構和產業(yè)結構轉型期多重矛盾交織的易燃地帶，城市功能的完善、征地村民的補償安置和流動人口的管理問題交織在一起，解決難度極大。
目前，北京市面向城鄉(xiāng)結合部出臺的諸多管理措施仍屬于應急方案，比較被動，治標難治本，缺乏根本解決方案。疏解非首都功能的外在壓力對城鄉(xiāng)結合部治理的要求日益提高，迫切需要城鄉(xiāng)結合部管理模式的體制機制創(chuàng)新。
(五)農村基層管理模式落后，依法行政困難
基層組織政經不分，影響集體經濟發(fā)展；基層各部門權責不匹配，依法行政困難，鄉(xiāng)鎮(zhèn)承接的管理責任較多，但職權相當有限，大量管理權力仍屬于各垂直管理部門。一些垂直管理部門“運動式、突擊式”的執(zhí)法方式成效不高，同時給基層部門依法行政造成困難；基層執(zhí)法人員和經費不足，農村地區(qū)實際管理部門在人員編制和經費撥付方面與城市地區(qū)存在差距，往往以戶籍人口而非常住人口為基數測算，在城鄉(xiāng)結合部等人口結構復雜地區(qū)很容易出現管理漏洞和職能缺位。
(六)生態(tài)建設投入、補償和管護缺乏城鄉(xiāng)統(tǒng)籌
農村和農業(yè)的生態(tài)功能日益凸顯，然而缺乏城鄉(xiāng)一體化的生態(tài)文明建設機制，導致農村地區(qū)生態(tài)環(huán)境惡化，綠化推進緩慢。市財政對綠化拆遷騰退的資金投入不足，缺乏系統(tǒng)的規(guī)劃設計和公共政策推動，綠化指標的制定沒有充分考慮鄉(xiāng)鎮(zhèn)負擔，實施中主要依靠行政命令，導致農村地區(qū)綠化任務實施水平低，規(guī)劃的生態(tài)綠化用地被建設用地擠占，低端產業(yè)和違法建設取代了原有的綠地，造成各類環(huán)境和安全問題。農村地區(qū)綠化養(yǎng)護標準明顯低于城市地區(qū)。如城市綠地養(yǎng)護標準一般為6.5元/平方米，此外還有設施維護費和水體保潔費，而農村地區(qū)的一綠地區(qū)養(yǎng)護補貼只有2元/平方米，二綠地區(qū)補償期限暫定為10年，補償標準0.75元/平方米，每三年遞增3%，景觀生態(tài)林養(yǎng)護費用為0.3元/平方米，一般生態(tài)林前5年養(yǎng)護費用相同，后5年僅為0.15元/平方米。另外，生態(tài)林補償只針對集體生態(tài)林的管護員，既沒有體現對全體生態(tài)林所有者的補償，也沒有體現“使用者付費”的原則，缺乏生態(tài)補償的長效機制，難以體現對效果的有效激勵。